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SeqGeq系列之:如何分析单细胞免疫组库VDJ数据?

1454 人阅读发布时间:2022-05-27 11:31

免疫细胞组成的「防卫军团」是免疫系统的重要组成部分,其中T细胞受体(TCR)和B细胞受体(BCR)的信息对免疫研究有着重要意义。 


BD Rhapsody单细胞平台全新推出全长VDJ测序,不仅包括了多样性最高的CDR3区域,更是覆盖完整的FR1-4以及CDR1-3区域,并且可与全转录组、靶向转录组、膜蛋白组结合,不断拓展单细胞研究维度。


在获取了TCR/BCR的全长序列信息之后,如何对这些数据进行有效分析,得到具有生物学意义的结果,却往往让人不知从何入手。


今天小海胆会带大家一起学习如何使用SeqGeq™软件来分析单细胞TCR/BCR测序数据,解决大家的疑问。


1 什么是免疫组库?

编码TCR/BCR蛋白的基因包含了V区、 D区和J区的基因片段这些不同类型的基因片段可以随机重组,产生带有不同受体的T/B细胞免疫组库。TCR由两条链组成(αβ配对或γδ配对),BCR则由重链H和轻链L(κ型或λ型)构成。TCR / BCR的多样性对免疫系统的功能至关重要,TCR / BCR的变化可用于癌症、自身免疫病等的研究。
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V、D、J具有多种重排方式


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正常人免疫组库的多样性远高于白血病、淋巴瘤等疾病状态

 

 


2 SeqGeq助力单细胞VDJ数据分析

SeqGeq™在分析下游转录组、蛋白组数据的同时,可以通过插件VDJ explorer分析VDJ BCR/TCR数据,简单易用,无需编写代码,操作界面十分友好。
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3 SeqGeq™ VDJ数据分析流程

导入样本转录组表达矩阵,可进行质控、降维、分群等分析。


选中导入的样本表达矩阵(注:WTA全转录组,导入runName_RSEC_MolsPerCell.csv文件,TTA靶向转录组,导入runName_DBEC_MolsPerCell.csv),依次点击Workspace-Plugin-VDJ explorer,调取VDJ explorer插件,在METADATA界面,添加VDJ数据(注:BD pipeline 分析结果文件夹里面runName_VDJ_perCell.csv文件)。

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左侧切换至CLONOTYPES,SeqGeq™按照含有的细胞数量排列TCR/BCR克隆型。Ctrl键选择所需的克隆型(如Top十、Top25等)。右侧CHART TYPE可选图表类型(如饼图、柱状图),右侧X AXIS选择展示的对象(如V基因、CDR3区等),直观展示克隆型的比例,配对链的类型(TCR: αβ或γδ,BCR: 重链H、轻链L)。

图表参数可调:
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CLONOTYPES界面选择显示细胞,选中克隆型(如Top十)对应的细胞,右击出现 “Population from Selection” ,会在layout界面生成VDJ细胞亚群。在后续的分析中可与不同的细胞群叠加,方便查看这些克隆型在细胞群的分布。
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如何获取SeqGeq™ VDJ explorer?

目前SeqGeq™可免费试用60天,带有Demo数据可供分析练习,并有操作演示视频可供观看,快来试用吧!

1.下载VDJ explorer插件
进入 SeqGeq™插件网站FlowJo exchange, 下载新版VDJ explorer插件。
2.关联SeqGeq与VDJ explorer
将SeqGeq™与R安装的位置和软件安装目录下 Plugin文件夹的位置进行关联,并将下载好的插件包中的VDJ explorer.jar文件复制至关联的Plugin文件夹中。
3.重启软件即可使用VDJ explorer


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