某Pathology数据库：蛋白表达“未卜先知”

肺癌是世界上发病率和病死率最高的癌症，吸烟是肺癌主要诱因。研究结果表明，环境因素和遗传因素也可以诱导肺癌。肺癌患者预后较差，所有阶段病人5年生存率男性为13.6％，女性为19.4％。预后不良的部分原因是发现时已是晚期，同时也缺乏有效的治疗方法。

The Pathology Atlas使用TCGA转录组学数据和蛋白质的抗体验证数据展现肺癌的蛋白质组。由994例患者的转录组学数据获得与肺癌预后密切相关的651个基因，包括354个预后不良相关基因以及297个预后良好基因。

以GALNT2基因为例，The Pathology Atlas提供与该基因与不同癌症预后的相关性分析详细数据，可见GALNT2与肾癌、肺癌和宫颈癌预后的相关系数p<0.001，提示GALNT2与上述癌症类型密切相关。

The Pathology Atlas提供GALNT2在不同肿瘤组织中的IHC染色结果图，每个肿瘤类型提供数十个病人的年龄、性别、人种、癌症阶段、预后时间，以及生存散点图、生存分析、对应的肿瘤组织IHC染色结果图等信息。

The Pathology Atlas提供基因所表达的蛋白质在不同组织器官中的表达量，可见GALNT2蛋白在胰腺中表达量高，在肾上腺、气管、结肠、肾脏等组织中表达量中等，在骨髓、淋巴结、脾脏等组织中表达量低，在心肌、唾液腺、平滑肌等组织中不表达。这些数据为科学研究的实验设计、检测方法提供了前期的参考数据。

同样的，The Pathology Atlas提供基因的mRNA在不同组织器官中的表达量，可见GALNT2蛋白在肝脏中表达量高，在骨骼肌、胰腺、淋巴结、皮肤、NK细胞等组织中的表达依次递减。这些数据为科学研究的实验设计、检测方法提供了前期的参考数据。

除此之外，The Pathology Atlas数据库中的蛋白质，都有对应抗体的上百张不同实验类型验证结果图，包含IHC、WB、IF等。其中IHC的验证结果包括了不同的组织器官类型。提供这些验证数据的抗体都来自于Atlas Antibodies，可以说Human Protein Atlas的庞大数据集都是以Atlas Antibodies的抗体为工具建立起来的。同时，IHC也广泛应用于医院病理/检验科，用于检测患者病变组织，提供病理诊断。

本文也列举了肝癌、胃癌、乳腺癌和胰腺癌的不良与后续相关基因，临床数据的分析为上述癌症相关肿瘤标志物的研究提供新的可能。

肝癌是全球发病率第六，病死率第三的癌症。由于缺乏早期发现，肝癌的预后一般很不乐观。

The Pathology Atlas使用TCGA转录组学数据和蛋白质的抗体验证数据展现肝癌的蛋白质组。由365例患者的转录组学数据获得与肝癌预后密切相关的2881个基因，包括2618个预后不良相关基因以及263个预后良好基因。

胃癌是全球发病率第五，病死率第四的癌症，全球胃癌病例的5年生存率是20％。胃癌最常见于40岁以上的男性，最主要的诱因是幽门螺杆菌感染，遗传成分约占所有病例的10％。

The Pathology Atlas使用TCGA转录组学数据和蛋白质的抗体验证数据展现胃癌的蛋白质组。由354例患者的转录组学数据获得与胃癌预后密切相关的298个基因，包括170个预后不良相关基因以及128个预后良好基因。

乳腺癌是全球女性最常见的浸润性癌症，也是导致女性死亡的最主要癌症类型。

全球按年龄统计的乳腺癌发病率是每年每100,000名妇女中占124例。大多数乳腺癌是偶发性发生发展的，但对于5-10％的患者来说，是由遗传成分引起的。与增加乳腺癌风险相关的最著名的基因是BRCA1和BRCA2。患有BRCA1或BRCA2异常的女性到90岁时罹患乳腺癌的风险高达60％。

The Pathology Atlas使用TCGA转录组学数据和蛋白质的抗体验证数据展现乳腺癌的蛋白质组。由1075例患者的转录组学数据获得与乳腺癌预后密切相关的577个基因，包括210个预后不良相关基因以及367个预后良好基因。

胰腺癌是全球发病率第十一，全球患者5年生存率不到5％，且胰腺癌占全世界每年发生的所有死亡的4％。胰腺癌的风险随着年龄的增长而增加，女性发病率高于男性。大多数患有胰腺癌的患者都在50岁以上，并且伴有疼痛，黄疸和体重减轻等症状。

The Pathology Atlas使用TCGA转录组学数据和蛋白质的抗体验证数据展现胰腺癌的蛋白质组。由176例患者的转录组学数据获得与胰腺癌预后密切相关的1525个基因，包括668个预后不良相关基因以及857个预后良好基因。